La Sede Regional Masaya es aprobada por la Junta Directiva en acta No. 58 del 30 de abril del año 2002, según libro tomo 1 folios 112, 113, 114 y 115, e inicia sus operaciones académicas en el año 2003 ofertando las siguientes Facultades:
Ciencias y Tecnología
Ciencias Económicas y Administrativas
Ciencias Jurídicas
Posteriormente en esta Sede se integró la Facultad de Ciencias Médicas.
