La Sede Regional Masaya es aprobada por la Junta Directiva en acta No. 58 del  30 de abril del año 2002, según libro tomo 1 folios 112, 113, 114 y 115, e  inicia sus operaciones académicas en el año 2003 ofertando carreras en las siguientes Facultades:

• Ciencias y Tecnología

• Ciencias Económicas y Administrativas

• Ciencias Médicas